Implementasi nasional aplikasi e-Faktur versi 3.0 di laksanakan pada 1 Oktober 2020. Seluruh Pengusaha Kena Pajak dapat mengunduh (download) aplikasi terbaru di https://efaktur.pajak.go.id.
Untuk menghindari terjadinya kesalahan pada saat meng update, maka pengguna perlu melakukan back-up database (folder DB yang sedang digunakan). Agar aplikasi dapat berjalan dengan lancar, pengguna perlu menyalin database (folder db) di aplikasi lama yang kemudian dipindahkan dalam folder aplikasi terbaru.
Aplikasi versi 3.0 ini membawa berbagai fitur baru termasuk prepopulated pajak masukan berupa pemberitahuan impor barang, prepopulated pajak masukan berupa e-Faktur, prepopulated VAT refund, sinkronisasi kode cap pada aplikasi, serta prepopulated SPT Masa PPN.
Prepopulated pada e–Faktur 3.0 adalah sistem DJP yang akan menyediakan data Pajak Masukan yang dapat dikreditkan oleh PKP secara otomatis melalui sistem yang tersedia, tanpa melakukan input secara manual ke aplikasi seperti sebelumnya pada e–Faktur versi 2.2.
Tujuannya untuk mempermudah Wajib Pajak (WP) dalam hal ini Pengusaha Kena Pajak (PKP) untuk melakukan aktivitas perpajakannya terkait transaksi Pajak Pertambahan Nilai (PPN) yang harus dibuat Faktur Pajaknya.
Ke depannya, Pengusaha Kena Pajak membuat Faktur Pajak dan melaporkan SPT Masa PPN hanya dalam satu aplikasi saja yakni e-Faktur 3.0. Dengan versi 3.0 ini, pelaporan SPT Masa PPN tidak lagi menggunakan aplikasi e-Filing.
DJP mengungkapkan pelaporan SPT Masa PPN untuk Masa Pajak Agustus dan sebelumnya masih bisa dilakukan dengan cara upload di DJP online. Tapi pelaporan SPT Masa PPN untuk Masa Pajak September 2020 dan seterusnya sudah harus menggunakan versi e-Faktur 3.0.